内蒙古自治区境内的铁路线路由铁道部下属的三个铁路局管辖。
哈尔滨铁路局管辖部分：呼伦贝尔市全境。 铁路线路：干线2条：滨洲线（哈尔滨—满洲里）、牙林线（牙克石—满归）。 支线5条：博林线（博克图—塔尔气）、伊加线（伊图里河—加格达奇）、伊敏线（海拉尔东—伊敏）、朝乌线（朝中—莫尔道嘎）、卓江联络线（牙克石—汇流河）。
沈阳铁路局管辖部分：兴安盟全境、通辽市全境、赤峰市南部。 铁路线路：干线2条：平齐线（四平—齐齐哈尔）、京通线（北京北—通辽西）。 支线5条：大郑线（大虎山—郑家屯）、通让线（通辽东—让湖路）、通霍线（通辽北—霍林河）、通辽南线（通辽—通辽南）、叶赤线（叶柏寿—赤峰）。
呼和浩特铁路局管辖部分：内蒙古自治区中西部地区：呼和浩特市、包头市、乌海市、鄂尔多斯市、巴彦淖尔市、乌兰察布市、阿拉善盟、锡林郭勒盟、赤峰市北部。 铁路线路：干线6条：京包线（北京北—包头）、包兰线（包头西—兰州东）、集二线（集宁—二连浩特）、集通线（集宁—通辽北）、包西线、集张线。 支线7条（含一条环线）：包白线、包石线、包环线、乌吉线、海公线、郭查线、包神线。 高铁1条（在建，截至2012年）：张呼客运专线、呼（和浩特）准（格尔）鄂（尔多斯）铁路。
机场：锡林浩特机场 包头二里半机场 呼和浩特白塔国际机场 乌兰浩特机场 海拉尔东山机场 乌海机场 呼伦贝尔满洲里西郊机场 通辽机场 鄂尔多斯机场
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